个人简介

Personal Profile

孔琪，医学博士，中国医学科学院医学实验动物研究所生物信息研究中心主任，课题组长（PI），研究员，硕士生导师，国家重点研发计划重点专项首席科学家。2014年-2018年曾任所长助理。毕业于清华大学医学部-北京协和医学院病理学与病理生理学专业，取得医学博士学位。兼任中国实验动物学会实验动物标准化技术委员会秘书长，全国实验动物标准化技术委员会前任秘书长暨现任委员。长期从事比较医学大数据、生物信息学、实验动物标准化、生物安全等方面研究和管理工作。承担科技部批准设立的“国家动物模型资源共享平台”和“国家人类疾病动物模型资源库”数据管理工作。开展了比较医学大数据平台、动物模型知识库、实验动物百科知识库和实验动物术语库等数据库建设。在人类疾病动物模型建立和标准化、实验动物资源调查、实验室生物安全保障体系和实验动物标准化体系等方面积累了丰富的工作基础。 使用比较基因组学方法研究了肺癌患者对新冠肺炎（COVID-19）的易感性。首次发现肺腺癌比肺鳞癌更易感新冠病毒，除肺鳞癌原始亚型外，各年龄阶段、疾病亚型和病理阶段的肺癌患者均比正常人易感，并提出TMPRSS2是抑癌基因（Mol Cancer），被Nature杂志Microbiology版块评论，被引用68次。首次发现PDL可通过作用于CRP、IFN-γ、IL-6、IL-10、TNF-α、TGFβ1等蛋白调节免疫、抗炎（改善症状）、抑制病毒感染（Biomed Pharmacotherapy），在动物模型水平上发现PDL可以降低病毒滴度、减轻肺部炎症、延缓病情发展，血清IL-10和TNF-α减少（STTT）。参与新发和再发传染病动物模型、生物安全研究和实验动物技术平台建设，全面调查了我国实验动物行业发展现状。文章发表在实验动物领域顶级期刊ILAR J(1区)、ATLA(1区)和AMEM（IF3.7）。 主持或参与国家重点研发专项、科技重大专项、卫生行业专项、北京市自然科学基金面上项目等十余项课题研究。参与策划编写国家卫健委统编研究生教材、八年制教材，北京协和医学院特色研究生教材，实验动物学系列丛书25部，包括《实验动物科学技术与产业发展战略研究》（中国工程院）、《动物种业科技创新战略研究报告》（科技部农村中心）、《2014-2015中国实验动物学科发展报告》（学术秘书）、国家卫健委统编研究生教材《医学实验动物学》（第1-2版编委，第3版副主编）和八年制教材《实验动物学》（第1-3版编委兼秘书），协和研究生教材《实验动物学》（副主编）等，以及《中华医学百科全书-医学实验动物学分卷》、《实验动物学辞典》等专业教材图书。发表科技文章58篇，获得教育部等科技奖励8项。

团队简介

Team Profile

孔琪课题组致力于实验动物大数据、生物信息学研究和学科体系建设，承担实验动物科学数据中心/比较医学科学数据中心建设，已组织开发12个实验动物与比较医学大数据平台或数据库。课题组核心目标是建设国家实验动物科学数据中心，打造国内领先、国际一流的实验动物与比较医学数据资源中心，为科研机构、高校、医院和企业提供高质量数据支持和资源共享服务，推动我国生物医药领域的创新发展。 孔琪课题组首次发现肺腺癌比肺鳞癌更易感新冠病毒，除肺鳞癌原始亚型外，各年龄阶段、疾病亚型和病理阶段的肺癌患者均比正常人易感，并提出TMPRSS2是抑癌基因（Mol Cancer），被Nature杂志Microbiology版块评论，被引用68次。首次发现PDL可通过作用于CRP、IFN-γ、IL-6、IL-10、TNF-α、TGFβ1等蛋白调节免疫、抗炎（改善症状）、抑制病毒感染（Biomed Pharmacotherapy），在动物模型水平上发现PDL可以降低病毒滴度、减轻肺部炎症、延缓病情发展，血清IL-10和TNF-α减少（STTT）。 课题组长孔琪作为骨干人员，参与《实验动物科学技术与产业发展战略研究》（中国工程院）、《宠物与特种动物源人兽共患病防控战略研究》（中国工程院）、《动物种业科技创新战略研究报告》（科技部）。参与《实验动物科学学科发展报告》（2008-2009、2014-2015，中国科协）。参与17位院士起草的《关于加强我国实验动物科技创新的建议》，获得国务院副总理批复。 课题组长孔琪担任全国实验动物标准化技术委员会秘书长（2005-2018）和现任委员，全面实施国家标准化战略，组织建立国家实验动物标准体系，制修订国家标准88项。担任中国实验动物学会实验动物标准化专业委员会秘书长（2015-至今），组织申报全国首批团体标准试点单位，参与筹建团体标准化发展联盟，组织制修订团体标准160余项。这些标准是我国实验动物行政许可管理、实验动物质量保障、规范实验动物行业、实验动物出入境管理、引领科技创新、获得最佳秩序的技术依据，是国际合作交流的“通行证”（ILAR J）。 课题组参与新发和再发传染病动物模型、生物安全研究和实验动物技术平台建设，全面调查了我国实验动物行业发展现状。文章发表在实验动物领域顶级期刊ILAR J(1区)、ATLA(1区)和AMEM（IF3.7）。负责国家人类疾病动物模型资源库信息中心和国家动物模型资源共享信息平台建设。构建了比较医学大数据平台、传染病动物模型数据库、动物模型药筛数据库、比较组学数据库等12个数据库或信息平台。 为了规范实验动物行业发展，课题组长孔琪首次全面调研了全国实验动物行业现状，包括管理、法规、资源、质保、设施和教育等方面，并提出了发展对策。其中实验动物管理和法规内容发表在ILAR J（中科院1区），被国际同行引用21次，包括Nature Reviews Genetics等。实验动物资源调查数据发表在ATLA（中科院1区）。这项工作为后续的2本学科发展报告、3本战略研究报告等提供了数据和理论依据。 课题组长孔琪主持或参与国家重点研发计划、国家863、重大专项、卫生行业专项、创新工程、北京市自然科学基金等二十余项课题研究，主持国家重点研发计划重点专项（项目首席）、北京市自然科学基金面上专项各1项。为主参与传染病重大专项3项（子课题负责人）、医科院创新工程项目1项（子课题负责人）、研究所科研基金3项（负责人），中英合作项目2项（负责人）。 发表科技文章62篇，其中SCI 21篇（第一作者7篇）。主编或参编国家标准12项，团体标准20项。获得国际专利2项，软著9项。参与编写专业著作22部，作为编委参编《实验动物科学技术与产业发展战略研究》（中国工程院）、《动物种业科技创新战略研究报告》（科技部农村中心）、《2008-2009实验动物科学学科发展报告》（学术秘书）、《2014-2015中国实验动物学科发展报告》（学术秘书）、国家卫健委统编研究生教材《医学实验动物学》（第3版副主编）和八年制教材《实验动物学》，协和研究生教材《实验动物学》（副主编）等专业教材图书，以及《中华医学百科全书-医学实验动物学分卷》、《实验动物学辞典》、《实验动物标准汇编》、《中国实验动物学会团体标准汇编及实施指南》（第1-8卷）等工具类图书。 研究方向：比较医学大数据与生物信息学研究。 1. 实验动物质量精准监管与安全性评价关键技术研究； 2. 冠状病毒感染动物模型数字化技术研究； 3. 基于大数据的多维度传染病动物模型数据库建设； 4. 推动国家人类疾病动物模型资源库信息化建设。