个人信息
Personal Information
- 性别：女
- 导师类型：博导
- 职称：研究员
- 该职称任职时间：20200930
联系方式
Contact Information
- 所属院系：医药生物技术研究所
- 所属专业：微生物与生化药学
- 邮箱 : xieyy@imb.pumc.edu.cn
个人简介
Personal Profile
女，博士，课题组组长，研究员，博士生导师。先后就读于山东大学药学院（1998-2002，学士学位）和北京协和医学院（2002-2007，博士学位）；2007年起于中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所从事科研教学工作，2017年赴澳大利亚昆士兰大学进行代谢组学方向的访学研究。主要研究方向为抗感染、抗肿瘤及降脂微生物药物的发现，在传统活性导向先导化合物发现的基础上，将近年来发展起来的基因组测序技术、生物信息学、合成生物学与代谢组学技术结合起来，尤其是利用基于人工智能的代谢组学技术，建立更高效的药物先导化合物发现平台。目前已建立多种高效分析方法（详见文章），同时开发了多个化学生物信息学工具, 如： 1. 基于深度学习的卤化物挖掘工具DeepHalo (https://github.com/xieyying/DeepHalo，APSB 2026, 软著：2025SR0967337，2025年度全国仿真创新应用大赛药学方向药物研发组全国一等奖，下载超2000次) 2. 质谱前处理工具mzml2gnps (https://pypi.org/project/mzml2gnps，APSB 2026，下载近4000次); 3. 网页版的官能团生物合成检索工具FunGBE (Function Group Biosynthesis Explorer: http://www.npba-xielab.com:8502) 4. 基于比较基因组的孤儿基因簇分析工具phyloBGC （https://github.com/xieyying/phyloBGC
团队简介
Team Profile
待补充更新
- 研究方向Research Directions
- 在校研究生Current Graduate Students
硕士研究生 2 名，博士研究生 0 名
- 科研项目Research Projects
| # | 项目名称 | 起止日期 | 金额 | 项目类型 | 本人角色 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | “生物智能 人工智能”引领的微生物药物研究与转化体系建设” | 2026-01 —— 2027-12 | 1300万 | 参与在研的国家或省部级科研项目 | 任务负责人 |
| 2 | 靶向环肽药物高效合成的链霉菌底盘细胞工厂设计与构建 | 2025-10 —— 2028-09 | 20万 | 参与在研的国家或省部级科研项目 | 参与者 |
| 3 | 阿戈罗素A生物合成中罕见缬氨酸环氧化的机制研 | 2026-01 —— 2027-12 | 20万 | 参与在研的国家或省部级科研项目 | 参与者 |
- 发表论文Papers
| # | 论文题目 | 期刊名称 | 发表年份 | 论文署名 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Bioactivity-Based Molecular Networking-Guided Isolation of Epicolidines A–C from the Endophytic Fungus Epicoccum sp. 1-042 | Journal of Natural Products | 2024-05 | 通讯作者 |
| 2 | Molecular Networking-Based Screening Led to the Discovery of a Cyclic Heptadepsipeptide from an Endolichenic Xylaria sp. | Journal of Natural Products | 2022-04 | 通讯作者 |
| 3 | Application of Untargeted Tandem Mass Spectrometry with Molecular Networking for Detection of Enniatins and Beauvericins from Complex Samples | Journal of Chromatography A | 2022-06-09 | 通讯作者 |
| 4 | Genome-Directed Discovery of Bicyclic Cinnamoyl-Containing Nonribosomal Peptides with Anticoronaviral Activity from Streptomyces griseus | Organic Letters | 2023-07 | 通讯作者 |
| 5 | DeepHalo: Deep learning-powered exploration of halogenated metabolites uncovering antibacterial depsipeptides | Acta Pharmaceutica Sinica B | 2026-02 | 共同通讯作者 |
- 科研获奖Research Awards
无
- 研究成果Research Findings
| # | 成果类型 | 项目/专利/新品种名称 |
|---|---|---|
| 1 | 作为主创人员获得授权的发明专利和新品种 | 卤化物高通量分析系统 [简称：DeepHalo] V1.0 |