个人简介

Personal Profile

张曦，博士，苏州系统医学研究所副研究员。博士毕业于武汉大学物理科学与技术学院，博士期间主要从事离子、聚电解质与核酸体系的理论生物物理研究；随后在美国密歇根大学开展生物信息学博士后研究，重点发展冷冻电镜条件下的蛋白质结构自动建模方法。 本人主要研究方向为 AI 驱动的结构生物信息学、cryo-EM 生物大分子建模和计算生物物理。作为全自动 cryo-EM 蛋白质结构建模算法 CR-I-TASSER 的主要开发者之一，相关成果发表于 Nature Methods。近年来围绕电子密度图分割、density-guided docking、de novo 建模、蛋白-核酸复合体结构建模及核酸离子环境建模等方向开展研究，希望把 AI 模型、三维几何信息和物理机制更好地结合起来，发展既好用又可靠的结构建模方法。 科研风格上，我比较看重两个问题：算法是否有新意，以及它是否真的能解决实验中的麻烦。欢迎愿意写代码、读文献、做 benchmark，也愿意把一个问题反复打磨到“能用、好用、别人也愿意用”的同学联系。科研之外喜欢羽毛球、棋类和拼模型，算是把“结构”二字从实验室延伸到生活里。

团队简介

Team Profile

本招生方向依托苏州系统医学研究所人工智能与计算生物学中心及相关结构生物信息学研究平台，围绕 AI 驱动的 cryo-EM 生物大分子建模、蛋白质/RNA/蛋白-核酸复合物结构预测、结构生物信息学软件与数据库建设等方向开展研究。团队目前处于快速建设阶段，由张曦副研究员直接负责学生日常指导和课题推进，重点培养学生在算法设计、科研编程、结构生物学问题理解和软件工具开发方面的综合能力。 团队将与张阳教授/张阳课题组及中心内相关研究方向保持紧密合作。张阳教授长期从事蛋白质结构预测、蛋白质设计、蛋白质相互作用、RNA结构建模和结构生物信息学平台建设等研究，在 I-TASSER 等算法和相关生物信息学工具方面具有深厚积累。依托这一合作环境，学生可以接触到结构预测、cryo-EM建模、RNA建模、数据库与在线服务器开发等多个方向的交叉问题。 我们希望团队保持“小而专注、问题驱动、代码扎实”的风格。学生的工作不会只是简单运行现成程序，而是参与从科学问题定义、数据整理、模型训练、结果评估到工具交付的完整流程。欢迎具有 AI、计算机、物理、数学、生物信息学、结构生物学等背景，并愿意长期打磨算法和真实生物问题的同学加入。